チャブーンです。 この件ですが、2台めドメインコントローラーのIPv4の「参照先DNSサーバー」の設定はどうなっていますか?
1台めのドメインコントローラーへの参照は必ず入っていると思うのですが、それ以外のDNSサーバー(社内の別DNSやISPのDNSなど)が参照先に入っていませんか?その場合、DNSサーバーへの参照は「運が良ければ1台め、運が悪ければ2台め」に行います。2台めを参照先にしてしまった場合、Active DIrectoryゾーンは存在しないので、当然エラーになります。didiagでは全参照先DNSサーバーにテストをかけるので、これもエラーとなります。
この動作の詳細についてはTechnetフォーラムの過去ログに書いていますので、以下を確認してみてください。 https://video2.skills-academy.com/ja-jp/archive/msdn-technet-forums/6809f680-28c2-4ff1-93cd-0b6db60e4828