プログラムからフォルダをアクセス制御したい

起動したら、その某フォルダの中にCreateFileで隠しファイルを作成して、そのハンドルを開きっぱなしするのでは駄目でしょうか？

int main()
{
    #define LOCK_FILE_PATH  L"D:\\Temp\\Test\\lock.dat"

    DeleteFile(LOCK_FILE_PATH);

    HANDLE hFile = CreateFile
                    (LOCK_FILE_PATH
                    , GENERIC_READ | GENERIC_WRITE
                    , 0
                    , nullptr
                    , CREATE_ALWAYS
                    , FILE_ATTRIBUTE_TEMPORARY | FILE_ATTRIBUTE_HIDDEN
                    , 0);
    if (hFile == INVALID_HANDLE_VALUE)
    {
        return 1;
    }

    Sleep(60000);

    CloseHandle(hFile);
    DeleteFile(LOCK_FILE_PATH);
    return 0;
}