Azureサポートから返信がありました。
通常『Virtual Machines』はハードウェアコストとライセンスコストが合算されたものになるのですが、予約割引を適用すると『Virtual Machines Licenses』にライセンスコストが計上されるとのことでした。
『Azure プラン』では『Virtual Machines Licenses』としてOSライセンスコストが計上されているのに、『Azure イン オープン プラン』では『Virtual Machines Licenses』にOSライセンスコストが計上されていないため、ライセンス費用が発生していないと錯覚してしまいました。