".git/index.lock': File exists."でウェブ検索するといろいろ出てきますが、gitが操作しようとした時に排他処理のために使用しているindex.lockというファイルが既に存在しているので、排他処理ができなかったというメッセージです。
たとえば全く同時に複数のgit操作を行おうとした、長時間かかるgit操作が終わる前に別の操作を行おうとした、gitが操作後にindex.lockファイルが残ったままになったなどが考えられます。
残ったままになってるのであればindex.lockを削除すればよいでしょう。それ以外の場合は、同時操作しようとすることをやめるしかないと思います。
%HOMEPATH%に対して.gitフォルダが作られているということは%HOMEPATH%内にある大量のファイルがgitの対象になる可能性があります。(%Temp%なども対象になるので)
そのような大量のファイルが操作されることで時間がかかって、複数の操作が衝突してるのかもしれません。