Adobe イラストレーターにて、Segoe UI Emojiの絵文字を使用していたファイルを開くと、以前保存した内容と違っていた

絵文字に限らず、イラストレーターのファイルの「文字」データというものは、昔からそういう動作をします。それが嫌なデザイナー等の専門家やイラストレーターを仕事で使う人はアウトラインで保存したり、使用する環境や使用するフォントデータを厳密に管理します。

以前使用していた作業環境（PC？Mac？）をセットアップ（再現、インストール）して使うことが出来れば、元の状態に近い状態を再現することが出来るかも知れません。その時は是非、元データとは別に、アウトライン形式でデータを保存して下さい。

質問者さんの環境（OS は何かとか）が不明ですし、Adobe イラストレーターは触ったこともないですが・・・（なのでハズレかもしれませんが）

Adobe側からはフォントの問題はMicrosoft社へと問い合わせてくださいとの事でした。

Adobe がどういう理由でそういうことを言ったのか分かりませんが（タライ回し？）、Windows 8.1 からフォント Segoe UI Emoji が追加されたそうなので (詳しくは以下の記事を見てください)、それをどう使ってどう表示するかはアプリ (Adobe イラストレーター) の問題ではないのでしょうか？

OpenTypeカラーフォント

例えばブラウザの話ですが（ブラウザもアプリ）、フォントの指定なしでも Edge, Chrome, Firefox, Opera は自動検出して Segoe UI Emoji フォントを使って表示します。

IE11 では自動検出機能は無かったようで、フォントを指定しないと Segoe UI Symbol を使って表示されていました。

詳しくは以下の記事を見てください。

絵文字のカラー表示 http://surferonwww.info/BlogEngine/post/2019/06/11/emoji-color-font.aspx

ブラウザ以外では、例えばメモ帳と MS Word では自動検出で Segoe UI Emoji を使って表示されるか否かが異なります。 上の記事でブラウザに表示された絵文字をコピペすると以下のようになります (Windows 10 のメモ帳と MS Word 2007 です)。

メモ帳

MS Word

以下の記事に上に紹介した結果を表示するのに使ったサンプルがありますので、表示して、結果をアプリにコピペするなどして試してみてください。

カラー絵文字フォントのサンプルページ http://surferonwww.info/Test/colorfont-sample.aspx

何にせよ、何もしないのに勝手に設定などが変わることはないでしょうから、「10日ほど前に保存」したときと今とで何かが変わった（変えた）のだと思います。心当たりがないか思い出してみることをお勧めします。