はじめまして。
私でさっと調べた限りですが、ベストプラクティス的な情報は見つけられず、また Standard V2 で開発者ポータルやゲートウェイ(APIM)のIPアドレス制御を実現する方法も見出せずでした(*1)。
どうしてもIPアドレス制御を実施されたい場合、VNET統合が可能な Developer or Premium 版の利用が必要と考えられます(*2)。
*1 APIM自体はパブリックに配置され、制御が困難
送信接続のためにプライベート VNet と Azure API Management インスタンスを統合する
*2 内部外部のVNET統合のサポートはStandard V2対象外
Azure API Management レベルの機能に基づく比較
なお、Developer or Premium 版であれば、以下状態を構成できる認識です。
・開発者ポータル : パブリックIPを付与しないことで、同一VNET内の仮想マシンからのみアクセスできるように制御可
・ゲートウェイ(APIM) : APIMのフロントエンドにApplication Gateway(WAF)や仮想アプライアンス等を配置することで、外部からのアクセス制御可
あくまで当方見解ですが参考になればです。