Microsoft Genomics: Perguntas frequentes

No arquivo config.txt do serviço do Microsoft Genomics, especifique o process_name como gatk4. Observe que você será cobrado de acordo com as taxas de faturamento normais.

Você pode compactar a saída vcf ou gvcf usando um argumento opcional para a compactação de saída. É equivalente a executar -bgzip seguido por -tabix na saída vcf ou gvcf para produzir arquivos .gz(saída bgzip) e .tbi (saída tabix). O bgzip compacta o arquivo vcf ou gvcf, e o tabix cria um índice para o arquivo compactado. O argumento é um booliano, que é definido como false por padrão na saída vcf e como true por padrão na saída gvcf. Para usar na linha de comando, especifique -bz ou --bgzip-output como true (execute o bgzip e o tabix) ou false. Para usar esse argumento no arquivo config.txt, adicione bgzip_output: true ou bgzip_output: false ao arquivo.

Garantimos que em 99,9% do tempo o serviço Microsoft Genomics estará disponível para receber solicitações de API de fluxo de trabalho. Para saber mais, veja SLA.

O Microsoft Genomics é faturado de acordo com o número de gigabases processados por fluxo de trabalho. Para saber mais, consulte Preços.

Você pode obter uma lista completa dos comandos e argumentos disponíveis executando msgen help. Se nenhum argumento adicional é fornecido, ele mostra uma lista de seções de ajuda disponíveis, uma para cada um dos submit, list, cancel, e status. Para obter ajuda para um comando específico, digite msgen help command; por exemplo, msgen help submit lista todas as opções de envio.

Os comandos mais usados são argumentos para o msgen cliente incluem:

Vá ao portal do Azure e abra a página da sua conta do Genomics. No cabeçalho Gerenciamento, escolha Chaves de acesso. Lá, você encontra a URL de API e suas chaves de acesso.

Vá ao portal do Azure e abra a página da sua conta do Genomics. No cabeçalho Gerenciamento, escolha Chaves de acesso. Lá, você encontra a URL de API e suas chaves de acesso.

São necessárias duas chaves de acesso no caso de você desejar atualizá-las (gerá-las novamente) sem interromper o uso do serviço. Por exemplo, se você quiser atualizar a primeira chave, você deve ter todos os novos fluxos de trabalho usa a segunda chave. Em seguida, aguarde para todos os fluxos de trabalho usando a primeira chave para concluir antes de atualizar a primeira chave.

Sua chave de conta de armazenamento é usada para criar tokens de acesso de curto prazo para o serviço Microsoft Genomics ler os arquivos de entrada e gravar os arquivos de saída. A vida útil padrão do token é de 48 horas. A duração do token pode ser alterada com a -sas/--sas-duration opção do comando Enviar; o valor é em horas.

Não. O Microsoft Genomics não armazena nenhum dado do cliente.

Há suporte para essas referências:

msgen compreende os arquivos de configuração no seguinte formato:

• Todas as opções são fornecidas como pares chave-valor com valores separados de chaves por dois-pontos. Espaço em branco é ignorado.

• Linhas que começam com # serão ignoradas.

• Qualquer argumento de linha de comando no formato longo pode ser convertido a uma chave retirando seus principais traços e substituindo traços entre palavras com sublinhados. Aqui estão alguns exemplos de conversão:

  Argumento de linha de comando	Linha de arquivo de configuração
  -u/--api-url-base https://url	api_url_base:https://url
  -k/--access-key KEY	access_key:KEY
  -pa/--process-args R=B37m1	process_args:R-b37m1

Próximas etapas

Use os seguintes recursos para começar com o Microsoft Genomics:

• Comece executando o seu primeiro fluxo de trabalho pelo serviço do Microsoft Genomics. Executar um fluxo de trabalho por meio do serviço Microsoft Genomics
• Envie seus próprios dados para processamento pelo serviço do Microsoft Genomics: FASTQ emparelhado | BAM | FASTQ múltiplos ou BAM