Цифровая патология с помощью службы DICOM

Статья
05/21/2024

Цифровая визуализация в патологии позволяет совместно использовать изображения за пределами лаборатории, обучать модели ИИ/ML и хранить цифровые микро область слайды.

Чтобы сделать эти преимущества, многие организации преобразуют цифровые слайды Кто в стандартный формат DICOM®. После того как изображения находятся в формате DICOM, их можно хранить в общедоступных системах PACS, где их можно управлять с помощью общих средств и процессов радиологии.

Служба DICOM для цифровой патологии

Служба DICOM поддерживает уникальные требования к цифровой патологии, такие как:

Масштабирование и производительность, необходимые для отправки экземпляров DICOM, которые имеют размер нескольких ГБ.
Быстрый доступ к кадрам, позволяющий веб-средству просмотра сдвигать и увеличивать изображения патологии DICOM без задержек или размытия.
Экономичный способ хранения изображений долгосрочной после диагностики для архивного и исследовательского использования.

Оцифровки

Хотя стандарт DICOM теперь поддерживает образы с целым слайдом (WSI), многие сканеры приобретения не записывают изображения в формате DICOM. Служба DICOM поддерживает только изображения в формате DICOM, поэтому для WSI в других форматах требуется преобразование формата. Для преобразования этих форматов существуют несколько коммерческих и открытых решений с открытым кодом.

Ниже приведены некоторые примеры открытый код средств для создания собственного конвертера:

WSIDicomizer

Хранилище

Каждый преобразованный WSI приводит к серии DICOM с несколькими экземплярами.

Пакетная отправка

Учитывая больший размер и количество экземпляров, которые необходимо отправить, мы рекомендуем пакетную отправку каждой серии или пакет преобразованных WSIs с помощью import.

Потоковая передача

Если вы хотите отправить каждый файл по мере преобразования, используйте запрос одной части STOW в примере.

Необходимые условия

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Мы проверили поддержку отправки десятков ГБИТ-объектов через несколько секунд.

Извлечение

Средства просмотра получают плитки, хранящиеся в виде кадров в экземпляре DICOM. Каждый экземпляр DICOM может содержать несколько кадров. Рекомендуется использовать параллельный кадр GET для повышения производительности.

Необходимые условия

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Мы проверили поддержку загрузки плитки 60 Кб примерно в 60–70 мс от клиента.

Читатели

Рекомендуется использовать любой средство просмотра WSI, который можно настроить с помощью службы DICOMWeb и проверки подлинности OIDC.

Пример средства просмотра с открытым кодом:

Следуйте рекомендациям CORS, если средство просмотра напрямую взаимодействует со службой DICOM.

Поиск партнера по поставщикам программного обеспечения

Обратитесь к dicom-support@microsoft.com поставщику программного обеспечения, которые предоставляют комплексные решения и поддержку, чтобы работать с нашими поставщиками программного обеспечения.

Следующие шаги

Развертывание службы DICOM в Azure

Использование API DICOMweb со службой DICOM

Примечание.

DICOM® является зарегистрированным товарным знаком Национальной ассоциации производителей электрических технологий для публикаций по стандартам, касающихся цифровых коммуникаций медицинской информации.

Поделиться через