Skicka ett arbetsflöde med flera indata från samma prov

  • Artikel

Den här artikeln visar hur du skickar ett arbetsflöde till Microsoft Genomics-tjänsten om din indatafil är flera FASTQ- eller BAM-filer som kommer från samma exempel. Om du exempelvis körde samma prov i flera banor i sekvensen, kunde resulterande utdata bli ett par med FASTQ-filer för varje bana. I stället för att sammanfoga FASTQ-filerna innan inpassning och identifiering av varianter, kan du direkt skicka alla dessa indata till msgen-klienten. Utdata från msgen-klienten kan vara en enkel uppsättning av filer, inklusive en .bam-, .bai- eller .vcf-fil.

Kom ihåg att du inte kan skicka in blandade FASTQ- och BAM-filer. Dessutom kan du inte skicka flera FASTQ- eller BAM-filer från flera personer.

I den här artikeln förutsätts det att du redan har installerat och kört msgen-klienten och att du vet hur du använder Azure Storage. Om du har skickat ett arbetsflöde med hjälp av angivna exempeldata är du redo att fortsätta med den här artikeln.

Flera BAM-filer

Ladda upp dina indatafiler till Azure Storage

Vi antar att du har flera BAM-filer som indata, reads.bam, additional_reads.bam och yet_more_reads.bam, och att du har laddat upp dem till ditt lagringskonto myaccount i Azure. Du har API-URL och din åtkomstnyckel. Du vill ha utdata i https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Skicka jobbet till msgen-klienten

Du kan skicka flera BAM-filer genom att skicka deras namn till argumentet --input-blob-name-1. Observera att alla filer måste komma från samma prov, men deras inbördes ordning är inte viktig. I följande avsnitt finns exempel på inskickade filer från kommandoraden i Windows, i Unix och med en konfigurationsfil. Radbrytningar har lagts till för tydlighetens skull:

För Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

För Unix:

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Om du föredrar att använda en konfigurationsfil skulle den innehålla följande:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads.bam additional_reads.bam yet_more_reads.bam
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Skicka filen config.txt med det här anropet: msgen submit -f config.txt

Flera, parade FASTQ-filer

Ladda upp dina indatafiler till Azure Storage

Vi antar att du har flera parade FASTQ-filer som indata, reads_1.fq.gz och reads_2.fq.gz, additional_reads_1.fq.gz och additional_ reads_2.fq.GZ och yet_more_reads_1.fq.gz och yet_more_reads_2.fq.gz. Du har laddat upp dem till ditt lagringskonto myaccount i Azure och du har API-URL och din åtkomstnyckel. Du vill ha utdata i https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Skicka jobbet till msgen-klienten

Parade FASTQ-filer måste komma från samma prov, men de måste också behandlas tillsammans. Ordningen på filnamnen är viktig när de skickas som argument till--input-blob-name-1 och --input-blob-name-2.

I följande avsnitt finns exempel på inskickade filer från kommandoraden i Windows, i Unix och med en konfigurationsfil. Radbrytningar har lagts till för tydlighetens skull:

För Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

För Unix:

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fastq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fastq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Om du föredrar att använda en konfigurationsfil skulle den innehålla följande:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz additional_reads_1.fastq.gz yet_more_reads_1.fastq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz additional_reads_2.fastq.gz yet_more_reads_2.fastq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Skicka filen config.txt med det här anropet: msgen submit -f config.txt

Nästa steg

I den här artikeln laddade du upp flera BAM-filer eller kopplade FASTQ-filer till Azure Storage och skickade ett arbetsflöde till Microsoft Genomics-tjänsten via msgen Python-klienten. Ytterligare information om att skicka arbetsflöden och andra kommandon som du kan använda med tjänsten Microsoft Genomics finns i Vanliga frågor och svar.