どのような方法で実装しようとしているのか書かれていないので仕様なども不明点がおおいのですが、ご希望の仕様を実装するのは不可能ではないでしょうか。まず、デスクトップはエクスプローラです。デスクトップのコンテキストメニューをなくすにはエクスプローラをなくすしかありません。エクスプローラはOSと一体なので動作を止めることはできませんし、メッセージを途中で差し替えることもできません。
そもそもですが、なぜそのような機能が必要になったのかを説明すると別のアイデアが提示されるかもしれません。
尚、エンベッデッドOSを使う場合はシェルの差し替えは可能です(コンテキストメニューを表示しないEXEに置き換える)。